삼성은 오른쪽에 스캐너가 있는 S8 및 S8+ 모델과는 달리 고객들의 요청에 따라 S9 및 S9+의 지문 스캐너를 카메라 바로 아래에 배치했다. 지문스캐너의 위치가 변화함에 따라 카메라의 측면까지 손가락을 뻗어 휴대전화 잠금을 해제할 필요가 없으므로 잠금해제는 더욱 편리해졌다.
두 모델 모두 여전히 2960 x 1440픽셀의 해상도를 지닌 슈퍼 AMOLED 패널과 S8 및 S8+보다 밝은 18.5 : 9 스크린을 사용한다. 또한 노 베젤 디자인을 적용해 가장자리 끝에서 끝까지 Super AMOLED 디스플레이를 사용할 수 있으며 IP68 등급의 방수 기능을 갖추고 있다.
또한, S9과 S9+는 소프트웨어를 사용해 빛의 레벨을 조정하고 자동으로 조리개를 변경하는 두 번째 카메라가 있다. 조명이 좋을 때 카메라는 f/2.4 조리개로 기본 설정되지만, 조명이 약한 경우 f/1.5 조리개로 전환된다. 그러나 S9+에는 후면에 광각 카메라가 추가로 장착되어 있으며 S9에는 12 메가픽셀 단일 후면 카메라가 장착돼있다
또한 S9과 S9+ 가진 가장 큰 차이점 중 하나는 AUX 단자가 그대로 유지된다는 것이다. 이는 기존 이어폰 사용자들에게 매우 기쁜 소식일 것이다.
삼성은 빅스비(Bixby) 버튼은 계속 유지하기로 했지만 기능은 조금 달라졌다. 사용자들은 빅스비 버튼으로 사진을 실시간 전송하고 음식의 열량을 계산할 수 있는 등 여러 가지 기능을 추가했다.
그러나 이 두 스마트폰은 이모지기능에서 경쟁자인 아이폰X에 비해 부족한 것으로 나타났다. 더버지는 S9과 S9+의 AR이모지기능이 아이폰X의 애니모지보다 사용자의 동작을 인식해 구현하는 방식에서 매력적이지 못다고 평가했다.
